本技术涉及用于分析核酸分子的方法和系统。交叉引用本技术要求于2019年11月6日提交的美国临时专利申请第62/931,688号的权益，该申请通过引用整体并入本文。序列表本技术包含序列表，所述序列表已以ascii格式以电子方式提交并通过引用整体并入本文。所述ascii副本创建于2020年11月3日，命名为58626-702_601_sl.txt，大小为307,199字节。政府权利本发明是在美国国立卫生研究院授予的ca233975、ca241076和ca188298下由政府支持完成的。美国政府对本发明享有一定的权利。
背景技术：
1、可以基于细胞游离核酸(例如，细胞游离脱氧核糖核酸(cfdna)和细胞游离核糖核酸(cfrna))的分析来检测体细胞改变(例如，突变的核酸)的无创血液测试由于获得生物标本(例如生物体液)相对容易性而成为癌症筛查应用的有吸引力的候选者。循环肿瘤核酸(例如，ctdna或ctrna；即来源于癌性细胞的核酸)可以是许多癌症亚型中的敏感和特异的生物标志物。然而，目前从ctdna检测微小残留疾病(mrd)的方法可能受到一个或多个因素的限制，例如低输入dna量和高背景错误率。
2、最近的方法通过使用错误抑制测序(error-suppressed sequencing)来跟踪多个体细胞突变来提高ctdna mrd性能，导致低至来自有限的cfdna输入的100,000中有4份(4/100,000)的检测限。在治疗期间或之后检测残留疾病是一种强大的工具，即使在放射学缓解期间，可检测到的mrd也代表了不良的预后体征。然而，目前的检测限可能不足以普遍检测注定疾病复发或进展的患者的残留疾病。这种“检测缺失”在弥漫性大b细胞淋巴瘤(dlbcl)中得到了体现，其中两个周期的治愈性治疗后的ctdna检测是一个强有力的预后标志物。尽管如此，几乎三分之一的经历疾病进展的患者没有在该界标处可检测到的ctdna，这代表了“假阴性”测试。在结肠癌和乳腺癌中观察到类似的假阴性率。
技术实现思路
1、本公开内容提供用于分析来自受试者的细胞游离核酸(例如，cfdna、cfrna)的方法和系统。本公开内容的方法和系统可以利用来源于受试者的测序结果来检测来源于癌症的核酸(例如，ctdna、ctrna)以用于例如疾病诊断、疾病监测或确定用于受试者的治疗。本公开内容的方法和系统可以表现出检测来源于癌症的核酸的增强的灵敏度、特异性和/或可靠性。
2、在一个方面，本公开内容提供了一种方法，包括：(a)通过计算机系统获得来源于获自或源自受试者的多个细胞游离核酸分子的测序数据；(b)通过计算机系统处理测序数据以鉴别多个细胞游离核酸分子中的一个或多个细胞游离核酸分子，其中所述一个或多个细胞游离核酸分子中的每一个相对于参考基因组序列包含多个定相变异(phasedvariant)，其中一个或多个细胞游离核酸分子中的至少约10％包含被至少一个核苷酸隔开的多个定相变异的第一定相变异和多个定相变异的第二定相变异；和(c)通过计算机系统分析鉴别的一个或多个细胞游离核酸分子以确定受试者的病况。
3、在本文公开的任一方法的一些实施方案中，至少约10％的所述细胞游离核酸分子包含至少约20％、至少约30％、至少约40％、至少约50％、至少约60％、至少约70％、至少约80％、至少约90％或约100％的所述一个或多个细胞游离核酸分子。
4、在一个方面，本公开内容提供了一种方法，包括：(a)通过计算机系统获得来源于获自或源自受试者的多个细胞游离核酸分子的测序数据；(b)通过计算机系统处理测序数据以鉴别多个细胞游离核酸分子中的一个或多个细胞游离核酸分子，其中所述一个或多个细胞游离核酸分子中的每一个相对于参考基因组序列包含多个定相变异，所述多个定相变异被至少一个核苷酸隔开；和(c)通过计算机系统分析所鉴别的一个或多个细胞游离核酸分子以确定受试者的病况。
5、在一个方面，本公开内容提供了一种方法，包括：(a)获得来源于获自或源自受试者的多个细胞游离核酸分子的测序数据；(b)处理测序数据以鉴别多个细胞游离核酸分子中的一个或多个细胞游离核酸分子，其检测限小于来自测序数据的约1/50,000个观察结果；和(c)分析所鉴别的一个或多个细胞游离核酸分子以确定受试者的病况。
6、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，鉴别步骤的检测限小于来自测序数据的约1/100,000、小于约1/500,000、小于约1/1,000,000、小于约1/1,500,000或小于约1/2,000,000个观察结果。
7、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，一个或多个细胞游离核酸分子中的每一个相对于参考基因组序列包含多个定相变异。在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，多个定相变异的第一定相变异和多个定相变异的第二定相变异被至少一个核苷酸隔开。
8、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，过程(a)至(c)通过计算机系统执行。
9、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，基于核酸扩增生成测序数据。在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，基于聚合酶链式反应生成测序数据。在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，基于扩增子测序生成测序数据。
10、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，基于下一代测序(ngs)生成测序数据。备选地，在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，基于非基于杂交的ngs生成测序数据。
11、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，在不使用多个细胞游离核酸分子的至少一部分的分子条形码的情况下生成测序数据。在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，在不使用多个细胞游离核酸分子的至少一部分的样品条形码的情况下获得测序数据。
12、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，在没有(i)背景错误或(ii)测序错误的计算机模拟去除或抑制的情况下获得测序数据。
13、在一个方面，本公开内容提供了一种治疗受试者的病况的方法，该方法包括：(a)鉴别用于治疗病况的受试者，其中已基于一个或多个细胞游离核酸分子从获自或源自受试者的多个细胞游离核酸分子中的鉴别确定受试者患有所述病况，其中所鉴别的一个或多个细胞游离核酸分子中的每一个相对于参考基因组序列包含被至少一个核苷酸隔开的多个定相变异，并且其中多个定相变异的存在指示受试者的病况；和(b)基于(a)中的鉴别使受试者接受治疗。
14、在一个方面，本公开内容提供了一种监测受试者的病况的进展的方法，该方法包括：(a)基于第一组的一个或多个细胞游离核酸分子从获自或源自受试者的第一多个细胞游离核酸分子中的鉴别确定受试者的病况的第一状态；(b)基于第二组的一个或多个细胞游离核酸分子从获自或源自受试者的第二多个细胞游离核酸分子中的鉴别确定受试者的病况的第二状态，其中在从受试者获得第一多个细胞游离核酸分子之后，从受试者获得第二多个细胞游离核酸分子；和(c)基于病况的第一状态和病况的第二状态确定病况的进展，其中一个或多个细胞游离核酸分子中的每一个相对于参考基因组序列包含被至少一个核苷酸隔开的多个定相变异。
15、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，病况的进展是病况的恶化。
16、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，病况的进展是病况的至少部分缓解。
17、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，多个定相变异的存在指示受试者的病况的第一状态或第二状态。
18、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，在从受试者获得第一多个细胞游离核酸分子后至少约1周、至少约2周、至少约3周、至少约4周、至少约2个月或至少约3个月，从受试者获得第二多个细胞游离核酸分子。
19、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，(i)在从受试者获得第二多个细胞游离核酸分子之前和(ii)在从受试者获得第一多个细胞游离核酸分子之后，使受试者接受针对病况的治疗。
20、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，病况的进展指示受试者的病况的微小残留疾病。在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，病况的进展指示受试者的肿瘤负荷或癌症负荷。
21、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，用一组核酸探针从多个细胞游离核酸分子中捕获一个或多个细胞游离核酸分子，其中所述一组核酸探针被配置为与包含一个或多个与病况相关的基因组区域的细胞游离核酸分子的至少一部分杂交。
22、在一个方面，本公开内容提供了一种方法，该方法包括：(a)提供包含(1)一组核酸探针和(2)获自或源自受试者的多个细胞游离核酸分子的混合物，其中核酸探针组中的个体核酸探针被设计为与靶细胞游离核酸分子的至少一部分杂交，所述靶细胞游离核酸分子相对于参考基因组序列包含被至少一个核苷酸隔开的多个定相变异，和其中个体核酸探针包含可活化报告剂，可活化报告剂的活化选自：(i)个体核酸探针与多个定相变异的杂交和(ii)已与多个定相变异杂交的个体核酸探针的至少一部分的去杂交；(b)检测被活化的可活化报告剂，以鉴别多个细胞游离核酸分子中的一个或多个细胞游离核酸分子，其中所述一个或多个细胞游离核酸分子中的每一个包含多个定相变异；和(c)分析所鉴别的一个或多个细胞游离核酸分子以确定受试者的病况。
23、在一个方面，本公开内容提供了一种方法，包括：(a)提供包含(1)一组核酸探针和(2)获自或源自受试者的多个细胞游离核酸分子的混合物，其中核酸探针组中的个体核酸探针被设计为与靶细胞游离核酸分子的至少一部分杂交，所述靶细胞游离核酸分子相对于参考基因组序列包含多个定相变异，和其中个体核酸探针包含可活化报告剂，可活化报告剂的活化选自：(i)个体核酸探针与多个定相变异的杂交和(ii)已与多个定相变异杂交的个体核酸探针的至少一部分的去杂交；(b)检测被活化的可活化报告剂，以鉴别多个细胞游离核酸分子中的一个或多个细胞游离核酸分子，其中所述一个或多个细胞游离核酸分子中的每一个包含多个定相变异，其中鉴别步骤的检测限小于多个细胞游离核酸分子的约1/50,000个细胞游离核酸分子；和(c)分析所鉴别的一个或多个细胞游离核酸分子以确定受试者的病况。
24、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，鉴别步骤的检测限小于多个细胞游离核酸分子的约1/100,000、小于约1/500,000、小于约1/1,000,000、小于约1/1,500,000或小于约1/2,000,000个细胞游离核酸分子。
25、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，多个定相变异的第一定相变异和多个定相变异的第二定相变异被至少一个核苷酸隔开。
26、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，在个体核酸探针与多个定相变异杂交后，可活化报告剂被活化。
27、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，在已与多个定相变异杂交的个体核酸探针的至少一部分的去杂交后，可活化报告剂被活化。
28、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，该方法还包括混合(1)核酸探针组和(2)所述多个细胞游离核酸分子。
29、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，可活化报告剂是荧光团。
30、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，分析所鉴别的一个或多个细胞游离核酸分子包括分析(i)所鉴别的一个或多个细胞游离核酸分子和(ii)多个细胞游离核酸分子中不包含多个定相变异的其他细胞游离核酸分子作为不同变量。
31、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，对所鉴别的一个或多个细胞游离核酸分子的分析不基于多个细胞游离核酸分子中不包含多个定相变异的其他细胞游离核酸分子。
32、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，来自所鉴别的一个或多个细胞游离核酸分子的多个定相变异的数量指示受试者的病况。在一些实施方案中，(i)来自一个或多个细胞游离核酸分子的多个定相变异的数量和(ii)来自一个或多个细胞游离核酸分子的单核苷酸变异(snv)的数量的比率指示受试者的病况。
33、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，所鉴别的一个或多个细胞游离核酸分子中的多个定相变异的频率指示受试者的病况。在一些实施方案中，频率指示与病况相关的患病细胞。在一些实施方案中，病况是弥漫性大b细胞淋巴瘤，并且其中频率指示一个或多个细胞游离核酸分子是来源于生发中心b细胞(gcb)还是活化的b细胞(abc)。
34、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，所鉴别的一个或多个细胞游离核酸分子的基因组来源指示受试者的病况。
35、在本文公开的任何一个方法的一些实施方案中，第一定相变异和第二定相变异相隔至少2个、至少3个、至少4个、至少5个、至少6个、至少7个或至少至少8个核苷酸。在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，第一定相变异和第二定相变异相隔至多约180个、至多约170个、至多约160个、至多约150个或至多约140个核苷酸。
36、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，包含多个定相变异的一个或多个细胞游离核酸分子中的至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约40％或至少约50％包含与相邻单核苷酸变异(snv)相隔至少2个核苷酸的snv。
37、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，多个定相变异包括相同的细胞游离核酸分子内的至少3个、至少4个、至少5个、至少10个、至少15个、至少20个或至少25个定相变异。
38、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，所鉴别的一个或多个细胞游离核酸分子包含至少2个、至少3个、至少4个、至少5个、至少10个、至少50个、至少100个、至少500个或至少1,000个细胞游离核酸分子。
39、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，参考基因组序列来源于参考群组。在一些实施方案中，参考基因组序列包含来自参考群组的共有序列。在一些实施方案中，参考基因组序列包含hg19人基因组、hg18基因组、hg17基因组、hg16基因组或hg38基因组的至少一部分。
40、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，参考基因组序列来源于受试者的样品。
41、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，样品是健康样品。在一些实施方案中，样品包含健康细胞。在一些实施方案中，健康细胞包括健康白细胞。
42、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，样品是患病样品。在一些实施方案中，患病样品包括患病细胞。在一些实施方案中，患病细胞包括肿瘤细胞。在一些实施方案中，患病样品包括实体瘤。
43、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，核酸探针组是基于通过比较(i)来自受试者的实体瘤、淋巴瘤或血液肿瘤的测序数据和(ii)来自受试者或健康群组的健康细胞的测序数据而鉴别的多个定相变异设计的。在一些实施方案中，健康细胞来自受试者。在一些实施方案中，健康细胞来自健康群组。
44、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，核酸探针组被设计为与同病况相关的基因组基因座的序列的至少一部分杂交。在一些实施方案中，当受试者患有病况时，已知与病况相关的基因组基因座表现出异常的体细胞超突变。
45、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，核酸探针组被设计为与(i)表1中鉴别的基因组区域、(ii)表3中鉴别的基因组区域或(iii)被鉴别为具有表3中的多个定相变异的基因组区域的至少约5％、至少约10％、至少约20％、至少约30％、至约40％、至少约50％、至少约60％、至少约70％、至少约80％、至少约90％或约100％杂交。
46、在本文公开的任一方法的一些实施方案中，核酸探针组的每个核酸探针与选自表6的探针序列具有至少约70％、至少约80％、至少约90％的序列同一性、至少约95％的序列同一性或约100％的序列同一性。
47、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，核酸探针组包含至少约5％、至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约40％、至少约50％、至少约60％、至少约70％、至少约80％或至少约90％的表6中的探针序列。
48、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，该方法还包括基于所鉴别的包含多个定相变异的一个或多个细胞游离核酸分子，确定受试者具有病况或确定受试者的病况的程度或状态。在一些实施方案中，该方法还包括基于进行所鉴别的一个或多个细胞游离核酸分子的统计模型分析，确定一个或多个细胞游离核酸分子来源于与病况相关的样品。在一些实施方案中，统计模型分析包括monte carlo统计分析。
49、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，该方法还包括基于所鉴别的一个或多个细胞游离核酸分子监测受试者的病况的进展。
50、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，该方法还包括执行不同的程序以确认受试者的病况。在一些实施方案中，不同的程序包括血液测试、基因测试、医学成像、体格检查或组织活检。
51、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，该方法还包括基于所鉴别的一个或多个细胞游离核酸分子来确定对受试者的病况的治疗。
52、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，受试者在(a)之前已经接受了针对病况的治疗。
53、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，治疗包括化学疗法、放射疗法、化学放射疗法、免疫疗法、过继细胞疗法、激素疗法、靶向药物疗法、手术、移植、输血或医学监测。
54、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，多个细胞游离核酸分子包含多个细胞游离脱氧核糖核酸(dna)分子。
55、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，病况包括疾病。
56、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，多个细胞游离核酸分子来源于受试者的身体样品。在一些实施方案中，身体样品包括血浆、血清、血液、脑脊液、淋巴液、唾液、尿液或粪便。
57、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，受试者是哺乳动物。在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，受试者是人。
58、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，病况包括赘生物、癌症或肿瘤。在一些实施方案中，病况包括实体瘤。在一些实施方案中，病况包括淋巴瘤。在一些实施方案中，病况包括b细胞淋巴瘤。在一些实施方案中，所述病况包括选自弥漫性大b细胞淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤、伯基特淋巴瘤和b细胞慢性淋巴细胞白血病的b细胞淋巴瘤亚型。
59、在本文公开的任何一种方法的一些实施方案中，根据对先前肿瘤样品或细胞游离核酸样品进行测序，多个定相变异先前已被鉴别为肿瘤来源的。
60、在一个方面，本公开内容提供了一种包含诱饵组的组合物，所述诱饵组包含一组核酸探针，其被设计为捕获细胞游离dna分子，所述细胞游离dna分子来源于(i)表1中鉴别的基因组区域、(ii)表3中鉴别的基因组区域或(iii)被鉴别为具有表3中的多个定相变异的基因组区域中所示的至少约5％的基因组区域。
61、在本文公开的任何组合物的一些实施方案中，核酸探针组被设计成拉下细胞游离dna分子，所述细胞游离dna分子来源于(i)表1中鉴别的基因组区域、(ii)表3中鉴别的基因组区域或(iii)被鉴别为具有表3中的多个定相变异的基因组区域中所示的至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约40％、至少约50％、至少约60％、至少约70％、至少约80％、至少约90％或约100％的基因组区域。
62、在本文公开的任何组合物的一些实施方案中，核酸探针组被设计成捕获一个或多个细胞游离dna分子，所述一个或多个细胞游离dna分子来源于于(i)表1中鉴别的基因组区域、(ii)表3中鉴别的基因组区域或(iii)被鉴别为具有表3中的多个定相变异的基因组区域中所示的至多约10％、至多约20％、至多约30％、至多约40％、至多约50％、至多约60％、至多约70％、至多约80％、至多约90％或约100％的基因组区域。
63、在本文公开的任何组合物的一些实施方案中，诱饵组包含至多5个、至多10个、至多50个、至多100个、至多500个、至多1000个或至多2000个核酸探针。
64、在本文公开的任何组合物的一些实施方案中，核酸探针组中的个体核酸探针包含拉下标签(pull-down tag)。
65、在本文公开的任何组合物的一些实施方案中，拉下标签包含核酸条形码。
66、在本文公开的任何组合物的一些实施方案中，拉下标签包含生物素。
67、在本文公开的任何组合物的一些实施方案中，每个细胞游离dna分子的长度为约100个核苷酸至约180个核苷酸。
68、在本文公开的任何组合物的一些实施方案中，基因组区域与病况相关。
69、在本文公开的任何组合物的一些实施方案中，当受试者患有该病症时，基因组区域表现出异常的体细胞超突变。
70、在本文公开的任何组合物的一些实施方案中，病况包括b细胞淋巴瘤。在一些实施方案中，所述病况包括选自弥漫性大b细胞淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤、伯基特淋巴瘤和b细胞慢性淋巴细胞白血病的b细胞淋巴瘤亚型。
71、在本文公开的任何组合物的一些实施方案中，该组合物进一步包含获自或源自受试者的多个细胞游离dna分子。
72、在一个方面，本公开内容提供了一种对个体执行临床程序的方法，该方法包括：(a)获得或已经获得细胞游离核酸分子集合的靶向测序结果，其中细胞游离核酸分子的集合来源于个体的液体或废物活检，并且其中靶向测序是利用核酸探针拉下已知在b细胞癌中经历异常体细胞超突变的基因组基因座的序列进行的；(b)在细胞游离核酸测序结果中鉴别或已经鉴别了多个定相变异；(c)利用统计模型和所鉴别的定相变异确定或已经确定细胞游离核酸测序结果包含来源于赘生物的核苷酸；和(d)对个体执行临床程序，以基于确定细胞游离核酸测序结果包含可能来源于b细胞癌的核酸序列确认b细胞癌的存在。
73、在本文公开的任何组合物的一些实施方案中，活检是血液、血清、脑脊液、淋巴液、尿液或粪便中的一种。
74、在本文公开的任何组合物的一些实施方案中，基因组基因座选自：(i)表1中鉴别的基因组区域，(ii)表3中鉴别的基因组区域，或(iii)被鉴别为具有表3中的多个定相变异的基因组区域。
75、在本文公开的任何组合物的一些实施方案中，核酸探针的序列选自表6。
76、在本文公开的任何组合物的一些实施方案中，临床程序是血液测试、医学成像或体格检查。
77、在一个方面，本公开内容提供一种治疗个体的b细胞癌的方法，该方法包括：(a)获得或已经获得细胞游离核酸分子集合的靶向测序结果，其中细胞游离核酸分子的集合来源于个体的液体或废物活检，并且其中靶向测序是利用核酸探针拉下已知在b细胞癌中经历异常体细胞超突变的基因组基因座的序列进行的；(b)在细胞游离核酸测序结果中鉴别或已经鉴别了多个定相变异；(c)利用统计模型和所鉴别的定相变异确定或已经确定细胞游离核酸测序结果包含来源于赘生物的核苷酸；和(d)基于确定细胞游离核酸测序结果包含来源于b细胞癌的核酸序列，治疗个体以减少b细胞癌。
78、在本文公开的任何组合物的一些实施方案中，活检是血液、血清、脑脊液、淋巴液、尿液或粪便中的一种。
79、在本文公开的任何组合物的一些实施方案中，基因组基因座选自：(i)表1中鉴别的基因组区域，(ii)表3中鉴别的基因组区域，或(iii)被鉴别为具有表3中的多个定相变异的基因组区域。
80、在本文公开的任何组合物的一些实施方案中，核酸探针的序列选自表6。
81、在本文公开的任何组合物的一些实施方案中，治疗是化学疗法、放射疗法、免疫疗法、激素疗法、靶向药物疗法或医学监测。
82、在一个方面，本公开内容提供了一种检测个体中的癌性微小残留疾病并治疗个体的癌症的方法，该方法包括：(a)获得或已经获得细胞游离核酸分子集合的靶向测序结果，其中细胞游离核酸分子的集合来源于个体的液体或废物活检，其中液体或废物活检是在一系列治疗后获得的，以检测微小残留疾病，并且其中靶向测序是利用核酸探针拉下经确定为含有多个定相变异的基因组基因座的序列进行的，所述基因组基因座的序列由来源于癌症的先前活检的先前测序结果所确定；(b)在细胞游离核酸测序结果中鉴别或已经鉴别了多个定相变异中的至少一组；和(c)基于确定细胞游离核酸测序结果包含来源于癌症的核酸序列，治疗个体以减少癌症。
83、在本文公开的任何组合物的一些实施方案中，液体或废物活检物是血液、血清、脑脊液、淋巴液、尿液或粪便中的一种。
84、在本文公开的任何组合物的一些实施方案中，治疗是化学疗法、放射疗法、免疫疗法、激素疗法、靶向药物疗法或医学监测。
85、在一个方面，本公开内容提供了一种计算机程序产品，该计算机程序产品包括在其中编码计算机可执行代码的非暂时性计算机可读介质，该计算机可执行代码经调整以适于被执行以实现本文公开的任一种方法。
86、在一个方面，本公开内容提供了一种系统，该系统包括一个或多个计算机处理器和与其耦合的计算机存储器，其中计算机存储器包括机器可执行代码，所述机器可执行代码在由一个或多个计算机处理器执行时实现本文公开的任一种方法。
87、根据以下详细描述，本公开内容的其他方面和优点对于本领域技术人员将变得明显，其中仅显示和描述了本公开内容的举例说明性实施方案。如将意识到的，本公开内容能够实现其他的和不同的实施方案，并且其若干细节能够在各种明显的方面进行修改，所有这些都不背离本公开内容。因此，附图和描述在本质上被认为是举例说明性的，而不是限制性的。
88、通过引用并入
89、本说明书中提及的所有出版物、专利和专利申请均以引用方式并入本文，其程度就好像每个单独的出版物、专利或专利申请被具体地和单独地指示为通过引用并入一样。如果通过引用并入的出版物和专利或专利申请与包含在说明书中的公开内容相矛盾，则本说明书旨在取代和/或优先于任何此类矛盾的材料。
1.一种方法，其包括：
2.权利要求1所述的方法，其进一步包括在计算机模拟中将(i)所鉴别的一个或多个细胞游离dna分子中的至少一部分与(ii)多个细胞游离dna分子中未被鉴别为包含多个定相变异的一个或多个其他细胞游离dna分子分离。
3.权利要求1所述的方法，其中所述方法不包括条形码介导的错误抑制。
4.权利要求1所述的方法，其中一个或多个细胞游离dna分子中的至少50％包含被至少一个核苷酸隔开的第一定相变异和第二定相变异。
5.权利要求4所述的方法，其中一个或多个细胞游离dna分子中的100％包含被至少一个核苷酸隔开的第一定相变异和第二定相变异。
6.权利要求1所述的方法，其中第一定相变异和第二定相变异被至少2个核苷酸隔开。
7.权利要求1所述的方法，其中第一定相变异和第二定相变异被至多160个核苷酸隔开。
8.权利要求1所述的方法，其进一步包括对来自受试者的至少1000个细胞游离dna分子进行测序。
9.权利要求1所述的方法，其中选择性富集生物样品中来自在个体群体或给定个体中已知携带定相变异的基因组区域的至少1000个细胞游离dna分子包括从已知在b细胞淋巴瘤中经历异常体细胞超突变的基因组区域富集。
10.权利要求9所述的方法，其中异常体细胞超突变由活化诱导的脱氨作用驱动。
11.权利要求9所述的方法，其中基因组区域是已被鉴别为易受apobec介导的异常体细胞超突变影响的区域的基因组区域。
12.权利要求1所述的方法，其中基因组区域是基于个体群体的评估已知携带定相变异的基因组区域。
13.权利要求1所述的方法，其中基因组区域是在从受试者之前获得的样品中已知携带定相变异的基因组区域。
14.权利要求13所述的方法，其中之前获得的样品是包含肿瘤dna的样品。
