本发明属于鱼类抗逆育种，具体涉及一种与红罗非鱼耐盐性状相关的分子标记及其开发方法和应用。
背景技术：
1、土壤盐碱化是制约水产动物生长和水产品产量提高的重要环境因子。我国具有丰富的盐碱水体，为水产动物提供了新的生长环境。目前，通过研究耐盐水产动物种质的耐盐机理，挖掘水产动物的优异耐盐基因，筛选和培育耐盐新品种是利用盐碱化水体最根本最有效的办法。
2、红罗非鱼(oreochromis spp.)是由突变型红色莫桑比克罗非鱼(o.mossamhicus)和野生型尼罗罗非鱼(o.niloticus)杂交而来的综合性状优良养殖品种。红罗非鱼具有生长快、抵抗力强、体色鲜艳、肉厚刺少和肉质鲜美等优点，且形似海水真鲷，盐度耐受能力较普通罗非鱼强，可不经驯化在盐度8‰～12‰的海水中正常生长。在生产实践中也发现，可以通过改变养殖水体盐度条件来提高红罗非鱼的生长速度，并且可以减少病害的发生和改善肌肉品质。在盐水养殖过程中，红罗非鱼因其耐盐范围广、生长速度更快和肉质更加鲜美而倍受养殖户和消费者的青睐。因此，红罗非鱼是选育耐盐罗非鱼品系的理想候选品种，以其为研究对象具有重要的科学价值与生产意义。
3、目前，有关红罗非鱼新品种的选育方法为传统的家系选择育种，难以避免出现遗传漂变、混杂衰退等问题。随着现代分子生物学和遗传学的不断发展，快速选择优良基因型的全基因组关联研究将成为其育种的新方向。近年来，全基因组关联分析(genome-wideassociation study，gwas)为数量性状改良提供了思路。gwas以自然群体长期重组交换保留下的连锁不平衡为基础，相较于经典双亲连锁作图，具有无需构建分离群体、研究周期短、定位精度高等优点。因此，gwas特别适用于难以直接度量的复杂性状的选育，如抗逆、抗病和品质等性状。然而，由于红罗非鱼的耐盐性状受到多基因控制，并且受到多种环境因子的影响，难以通过传统家系育种方法高效改良耐盐性，并且目前还没有关于红罗非鱼耐盐性状相关的分子标记的报道。
技术实现思路
1、有鉴于此，本发明的目的在于提供一种与红罗非鱼耐盐性状相关的分子标记，能够高效鉴定或选育红罗非鱼耐盐品种。
2、本发明提供了一种与红罗非鱼耐盐性状相关的分子标记，包括以下snp位点：lg18_26103783、lg18_26106180、lg18_26211779、lg18_26215409、lg18_26216582、lg18_26217125和lg18_26218475；
3、所述lg18_26103783为seq id no:1所示的核苷酸序列，所述seq id no:1所示的核苷酸序列第100位存在t/c多态性位点；
4、所述lg18_26106180为seq id no:2所示的核苷酸序列，所述seq id no:2所示的核苷酸序列第100位存在t/c多态性位点；
5、所述lg18_26211779为seq id no:3所示的核苷酸序列，所述seq id no:3所示的核苷酸序列第100位存在a/g多态性位点；
6、所述lg18_26215409为seq id no:4所示的核苷酸序列，所述seq id no:4所示的核苷酸序列第100位存在t/c多态性位点；
7、所述lg18_26216582为seq id no:5所示的核苷酸序列，所述seq id no:5所示的核苷酸序列第100位存在t/c多态性位点；
8、所述lg18_26217125为seq id no:6所示的核苷酸序列，所述seq id no:6所示的核苷酸序列第100位存在a/g多态性位点；
9、所述lg18_26218475为seq id no:7所示的核苷酸序列，所述seq id no:7所示的核苷酸序列第100位存在t/c多态性位点。
10、本发明提供了一种与红罗非鱼耐盐性状相关的分子标记的开发方法，包括以下步骤：
11、选择在96h半致死盐度条件下生存状态良好的红罗非鱼和濒死状态的红罗非鱼为材料，进行基因组重测序，得到重测序结果；
12、将重测序结果比对到参考基因组中，获得snps位点信息；
13、将所述snps位点信息与耐盐表型进行全基因组关联分析，筛选得到与耐盐性状相关的候选基因；
14、对所述与耐盐性状相关的候选基因进行snps位点分型，筛选出耐盐组和不耐盐组之间显著差异的snps位点进行聚合，得到snps分子标记组合。
15、优选的，所述96h半致死盐度为20.28‰。
16、优选的，所述参考基因组为尼罗罗非鱼基因组；
17、所述尼罗非鱼基因组版本号为gcf_001858045.2。
18、优选的，在所述全基因组关联分析前，还包括数据质控；
19、所述数据质控包括去除snps位点信息中次等位基因频率位点、高缺失率位点、高杂合率位点和非二等位位点；
20、所述次等位基因频率位点为maf<0.05的位点；
21、所述高缺失率位点为缺失率>20％的位点；
22、所述高杂合率位点为杂合率>50％的位点。
23、优选的，筛选出耐盐组和不耐盐组之间显著差异的snps位点的筛选标准为当拟合度＞0.7且显著性水平p＜0.05，则认为snps位点与耐盐性能相关；反之，则认为snps位点与耐盐性能不相关。
24、本发明提供了所述分子标记或所述开发方法得到的分子标记在选育耐盐红罗非鱼品种中的应用。
25、本发明提供了所述分子标记或所述开发方法得到的分子标记在筛选或鉴定耐盐红罗非鱼品种中的应用。
26、优选的，所述分子标记中lg18_26103783的耐盐性状优势基因型为tt；
27、lg18_26106180的耐盐性状优势基因型为cc；
28、lg18_26211779的耐盐性状优势基因型为gg；
29、lg18_26215409的耐盐性状优势基因型为cc；
30、lg18_26216582的耐盐性状优势基因型为cc；
31、lg18_26217125的耐盐性状优势基因型为gg；
32、lg18_26218475的耐盐性状优势基因型为tt。
33、本发明了一种与红罗非鱼耐盐性状相关的分子标记，包括以下snp位点：lg18_26103783、lg18_26106180、lg18_26211779、lg18_26215409、lg18_26216582、lg18_26217125和lg18_26218475。本发明首次开发得到与红罗非鱼耐盐性状相关的分子标记组合。实验表明，所述分子标记与红罗非鱼耐盐性状显著相关，可用于红罗非鱼耐盐性状的鉴定。本发明提供的分子标记为耐盐性状的红罗非鱼品种的筛选和选育提供有效分子工具，能够大大提高耐盐红罗非鱼品种的育种效率，完善耐盐性状评价体系。
34、本发明还提供了一种与红罗非鱼耐盐性状相关的分子标记的开发方法，包括以下步骤：选择在96h半致死盐度条件生存状态良好的红罗非鱼和濒死状态的红罗非鱼为材料，进行基因组重测序，得到重测序结果；将重测序结果比对到参考基因组中，获得snps位点信息；将所述snps位点信息与耐盐表型进行全基因组关联分析，筛选得到与耐盐性状相关的候选基因；对所述与耐盐性状相关的候选基因进行snps位点分型，筛选出耐盐组和不耐盐组之间显著差异的snps位点，得到snps分子标记组合。本发明利用全基因组关联分析挖掘种质中控制红罗非鱼耐盐性相关基因位点，实现高效全面准确的筛选结果。本发明提供的方法为红罗非鱼耐盐性相关基因的克隆及遗传研究奠定基础，也将为进一步开展红罗非鱼耐盐新品种的选育提供一定的参考。
1.一种与红罗非鱼耐盐性状相关的分子标记，其特征在于，包括以下snps位点：lg18_26103783、lg18_26106180、lg18_26211779、lg18_26215409、lg18_26216582、lg18_26217125和lg18_26218475；
2.一种与红罗非鱼耐盐性状相关的分子标记的开发方法，其特征在于，包括以下步骤：
3.根据权利要求2所述开发方法，其特征在于，所述96h半致死盐度为20.28‰。
4.根据权利要求2所述开发方法，其特征在于，所述参考基因组为尼罗罗非鱼基因组；
5.根据权利要求2所述开发方法，其特征在于，在所述全基因组关联分析前，还包括数据质控；
6.根据权利要求2所述开发方法，其特征在于，筛选出耐盐组和不耐盐组之间显著差异的snps位点的筛选标准为当拟合度＞0.7且显著性水平p＜0.05，则认为snps位点与耐盐性能相关；反之，则认为snps位点与耐盐性能不相关。
7.权利要求1所述分子标记或权利要求2～6中任意一项所述开发方法得到的分子标记在选育耐盐红罗非鱼品种中的应用。
8.权利要求1所述分子标记或权利要求2～7中任意一项所述开发方法得到的分子标记在筛选或鉴定耐盐红罗非鱼品种中的应用。
9.根据权利要求7或8所述应用，其特征在于，所述分子标记中lg18_26103783的耐盐性状优势基因型为tt；
