本发明涉及植物育种,尤其涉及一种与花生籽仁大小相关联的snp分子标记及其应用。
背景技术:
1、花生(arachis hypogaea l.)是现有一种重要的油料作物和经济作物,在油料供给、增加收入等方面发挥了重要作用。由于花生籽仁营养成分丰富,富含脂肪、蛋白质、维生素和矿物质等,深受人们喜爱。在这种情况下,食用型花生的需求呈逐年上升趋势。花生籽仁的形状是食用型花生的重要性状之一,直接影响食用型花生的外观品质及经济价值。不同品种间不同形状、大小的花生种子吸水过程存在差异。相同质量下其种子越细长,吸水速率越大,大粒类型种子吸水率高于小粒类型。
2、花生籽仁大小与籽仁的长度、宽度紧密相关,籽仁长和籽仁宽均是复杂的数量性状,容易受到环境的影响,通过测量籽仁长和籽仁宽来间接鉴定籽仁大小,效率较低,准确性差。随着分子遗传学的快速发展,利用分子标记和qtl定位分析,可以在基因组上定位到调控目标性状的主效qtl位点。通过开发与主效位点紧密连锁的标记,对花生籽仁大小进行分子标记辅助选择育种,可以有效地提高目标性状的育种效率。虽然目前花生籽仁大小已在染色体a05、a07和b06上鉴定到主效qtl,然而相比较其他作物,花生籽仁大小相关qtl仍然较少,限制了分子标记辅助选择育种的应用。
技术实现思路
1、为了解决现有技术存在的问题,本发明提供一种与花生籽仁大小相关联的snp分子标记及其应用。
2、本发明从多个花生品种的基因组信息中鉴定得到一个snp位点,该snp位点和花生籽仁大小紧密相关,可以用于选育花生籽大小合适的花生材料,进而应用于花生的分子标记辅助育种和培育转基因花生材料中。
3、第一方面,本发明提供一种snp分子标记,所述snp分子标记位于:a02号染色体第94,498,891bp处,多态性为g/a。
4、进一步地,所述snp分子标记位于如seq id no.1所示的核苷酸序列第182位,多态性为g/a。
5、第二方面,本发明提供一种引物对,包括:
6、引物sla02-1-f:5’-tcttactgacggatttacagacaga-3’;
7、引物sla02-1-r:5’-attctccatccatttcccaaacac-3’。
8、本发明进一步提供一种试剂或试剂盒,包括:所述的snp分子标记,或所述的引物对。
9、第三方面,本发明提供所述的snp分子标记,或所述的引物对,或所述的试剂或试剂盒在花生籽仁大小的检测中的应用。
10、进一步地,所述花生籽仁大小包括:花生籽仁长或花生籽仁的长宽比。
11、本发明进一步提供所述的snp分子标记,或所述的引物对,或所述的试剂或试剂盒在花生的分子标记辅助育种,或培育转基因花生材料中的应用。
12、第四方面,本发明提供一种检测花生籽仁大小的方法,包括:
13、针对待测花生材料的所述的snp分子标记进行检测,根据基因型检测结果确定所述待测花生材料的花生籽仁大小。
14、进一步地,包括:
15、提取所述待测花生材料的基因组dna,采用所述的引物对,或所述的试剂或试剂盒进行pcr扩增,根据扩增结果确定所述snp分子标记的基因型,根据基因型检测结果确定所述待测花生材料的花生籽仁大小。
16、进一步地,所述根据基因型检测结果确定所述待测花生材料的花生籽仁大小包括:
17、所述snp分子标记基因型检测结果为aa的花生材料相较于gg的花生材料而言,具备更大的花生籽仁大小。
18、本发明具备如下有益效果:
19、本发明通过大量研究在花生基因组a02染色体上鉴定得到一个与花生籽仁大小相关的snp位点,其位于第94,498,891bp处,针对花生材料中该snp位点检测(通过任意基因型检测方式)可以实现花生材料花生籽仁大小的鉴定。本发明提供的snp位点可以用于花生籽仁长或花生籽仁的长宽比的鉴定,也可以用于花生的分子标记辅助育种,或培育转基因花生材料,这在花生种植领域具有重要意义。
1.一种snp分子标记,其特征在于,所述snp分子标记位于:a02染色体第94,498,891bp处,多态性为g/a。
2.一种snp分子标记,其特征在于,所述snp分子标记位于如seq id no.1所示的核苷酸序列第182位,多态性为g/a。
3.一种引物对,其特征在于,包括:
4.一种试剂或试剂盒,其特征在于,包括:权利要求1或2所述的snp分子标记,或权利要求3所述的引物对。
5.权利要求1或2所述的snp分子标记,或权利要求3所述的引物对,或权利要求4所述的试剂或试剂盒在花生籽仁大小的检测中的应用。
6.根据权利要求5所述的应用,其特征在于,所述花生籽仁大小包括:花生籽仁长或花生籽仁的长宽比。
7.权利要求1或2所述的snp分子标记,或权利要求3所述的引物对,或权利要求4所述的试剂或试剂盒在花生的分子标记辅助育种,或培育转基因花生材料中的应用。
8.一种检测花生籽仁大小的方法,其特征在于,包括:
9.根据权利要求8所述的方法,其特征在于,包括:
10.根据权利要求8或9所述的方法,其特征在于,所述根据基因型检测结果确定所述待测花生材料的花生籽仁大小包括:
